Pseudomonas en zones humides a été étudié dans les sites Ramsar de la région d’Oran et de Bechar, où 35 souches bactériennes ont été isolées. L’analyse a porté sur leur résistance aux antibiotiques et leur contenu plasmidique, révélant des insights significatifs sur leur éco-bactériologie et leur activité enzymatique.
La famille des Pseudomonaceae :
La plupart des Pseudomonas sont ubiquistes est vivent librement à l’état saprophytique dans l’eau douce ou le sol ou bien en association avec des plantes (de nombreuses souches sont phytopathgènes) (Leclerc et al, 1983),les Pseudomonas sont des bacilles gram(_), mobiles par un ou plusieurs cils polaires, chimio-organothrophes, cependant, certaines espèces peuvent être facultativement chimio-lithotrophes et sont capables d’utiliser l’H2 ou le CO2 comme source de carbone.
La plupart des espèces cultivent facilement sur milieux ordinaires à une température optimale de croissance comprise entre 20 et 40° C (mais certaines espèces sont capables de croître à 4 et 41 °C) et un pH assez dispersé autour de 7 (mais il n’y a pas de croissance à pH inférieur à 3,6) .Le genre Pseudomonas est très hétérogène et le nombre
d’espèces est important à l’exception de Ps. aeruginosa et Ps. Mallei qui est très souvent rencontrée en bactériologie clinique selon (Leclerc et al, 1983; Minor et Veron, 1989)
Pseudomonas aeruginosa :
Pseudomonas aeruginosa est l’espèce type du genre Pseudomonas, les souches de cette espèce sont constituées de bacilles de 0,5 à 0,8 µm de diamètre sur 1,5 à 3,0 µm de longueur, se présentant de manière isolée ou groupés par deux ou en courtes chaînes, mobiles grâce à une ciliature monotriche (quelques rares cellules portent cependant plusieurs flagelles polaires), produisant le plus souvent de la pyoverdine et de la pyocyanine (les souches ne produisant aucun de ces pigments sont très peu nombreuses), pouvant également excréter de
la pyomélanine (pigment brun noir) et de la pyorubrine (pigment rouge), nitrate réductase positive et respirant les nitrates, catalase et oxydase positives, ADH positive, citrate de Simmons positive, hydrolysant la gélatine (gélatinase très active), hydrolysant faiblement le Tween 80, donnant une réponse négative aux tests LDC, ODC, TDA, indole, bêta- galactosidase (mais quelques souches hydrolysent l’ONPG au moyen d’une enzyme différente de la bêta-galactosidase), uréase, production d’hydrogène sulfuré, hydrolyse de l’amidon, hydrolyse de l’esculine et lécithinase selon la litérature scientifique (Krieg et Holt, 1984)
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Pseudomonas aeruginosa assimile de nombreux composés carbonés (acétamide, acétate, D- alanine, L-arginine, butyrate, géraniol, glucose, lactate, malonate, mannitol, propionate …), mais elle n’utilise ni l’adonitol ni l’inositol ni le maltose ni le mucate ni le saccharose ni le sorbitol ni le tréhalose. Le germe pousse à 42 °C, mais aucune culture n’est obtenue à 4 °C ou à 46 °C.
La température optimale de croissance est comprise entre 30 et 37 °C (Krieg et Holt, 1984).Pseudomonas aeruginosa cultive facilement sur les milieux d’usage courant en bactériologie (gélose nutritive, gélose trypticase-soja, gélose de Mueller-Hinton, gélose au sang …) et sur de nombreux milieux utilisés pour l’étude des entérobactéries (Drigalski, MacConkey, Hektoen, SS …).
Les cultures dégagent une odeur très caractéristique de seringa et elles présentent une coloration verdâtre (Brenner et al, 2005).
Les colonies de Pseudomonas aeruginosa sont de trois types : (Brenner et al, 2005)
- Les colonies la (large) sont grandes, rugueuses avec un centre plus bombé (colonies en œufs sur le plat) et un bord irrégulier. Très souvent, les colonies la présentent de petites plages d’autolyse donnant un reflet irisé ou métallique caractéristique.
- Les colonies sm (small) sont rondes, petites, convexes et lisses.
- Les colonies muqueuses sont bombées, opaques visqueuses, filantes, ou parfois coulantes. Elles possèdent une pseudocapsule constituée d’alginate.
Les Pseudomonas aeruginosa possède de nombreux plasmides transférables par conjugaison ou par transduction et la plupart des souches (probablement 100 % des souches) sont lysogènes et souvent polylysogènes (une même souche peut héberger 8 à 10 phages tempérés sur son chromosome ou sur un plasmide). Cette haute fréquence de lysogénie n’est pas retrouvée pour les autres espèces du genre Pseudomonas (Brenner et al, 2005)
Pseudomonas. fluorescent
Pseudomonas fluorescens est une bactérie à Gram négatif ,oxydase positive, KOH positif en forme de bâtonnet appartenant au genre des Pseudomonas, aérobie stricte mais certaines souches sont capables d’utiliser le nitrate au lieu de l’oxygène en tant que dernier accepteur d’électrons au cours de la respiration cellulaire, peut être trouvé dans le sol que dans l’eau.
Elle est mobile grâce à ses multiples flagelles. De plus, elle tient la deuxième partie de son nom (fluorescens) du fait qu’elle est fluorescente ceci est due à la production d’un pigment appelé fluorescéine et récemment pyoverdine, sa température de croissance optimale se situe entre 25 et 30 C°. Sa croissance à 42 °C est négative : ce point est important pour la différencier de Pseudomonas aeruginosa (Palleroni, 1984), plusieurs souches de P.
fluorescens comme P.f-5 et JL3985, ont développé une résistance naturelle à l’ampicilline et la streptomycine, ces antibiotiques sont régulièrement utilisés dans la recherche biologique comme outil de pression sélective pour promouvoir les plasmides d’expression (Sarniguet et al ,1995).
La famille des Vibrionaceae :
La famille des Vibrionaceae comporte des bacilles Gram négatif, incurvé en virgule ou droits mobiles (ciliature polaire ou mixte) ou immobiles ; ils sont aéro-anaérobies facultatifs, croissent sur milieux ordinaires, réduisant les nitrates en nitrites, oxydase+ et dégradant les glucides par métabolisme fermentatif, ils sont plus ou moins basophiles (PH=8,5 ou 9) halophiles ou halotolérants suivant les espèces selon la litérature scientifique et (Violet,2013).
a .Les Vibrion halophiles
Des vibrions halophiles vivent dans les eaux côtières les eaux des estuaires et dans les espaces animales de ces eaux (coquillage par exemple), ils se développent en présence de sel(3% de Nacl) mais peuvent tolérer suivant les espèces 6à8%Nacl ,des Vibrion soumis à des conditions environnementales plus ou moins stressantes peuvent exister dans un état appelé viable non cultivable (VNC) selon la litérature scientifique et (Olivier,2005).
Parmi Les espèces très répondue dans l’environnement on trouve Vibrio.alginolyticus, Vibrio.Parahaemolyticus, Vibrio. Cholerae selon l’ex auteur (Olivier,2005 et Violet,2013).
La famille des Aeromonadaceae :
Sont des Gram négatif en forme de bâtonnet (des bacilles de forme cocci-bacilles) Structuralement sont des tiges droites avec les extrémités arrondies habituellement de 0,3 à 1 µm de largeur et de 1 à 3 µm de longueur trouvée principalement dans les régions à climat chaud, dans l’eau douce ou saumâtre les estuaires l’eau gravitaire constitue le principal réservoir elle peut survivre en environnements aérobie et anaérobie selon (Janda, 2010).
a. L’espèce Aeromonas hydrophila
Aeromonas hydrophila est l’espèce type de la bactérie c’est un hétérotrophe, peut digérer des matériaux tels que la gélatine et l’hémoglobine sont mobiles par flagellation polaire non sporulante il est le plus connu des six espèces d’Aeromonas. Il est résistant aux antibiotiques
les plus courants et les basses températures (4°C) parmi ces caractères biochimiques on distingue l’oxydase +, Nitrate réductase +, glucose +, VP +, (Janda, 2010).
Elle produit un certain nombre de protéines extra-cellulaires telles qu’aérolysine, une lipase, une chitinase, une amylase, une gélatinase, hémolysines et entérotoxines (Janda, 2010).
Aeromonas hydrophila se produisent souvent de façon plus grande pendant les changements environnementaux, les facteurs de stress ,tel le changement de la température, dans des environnements contaminés elle est sensible à certains Antibiotiques tels que le chloramphénicol,florenicol , les sulfamides , des dérivés des nitrofuranes, et des acides pyrodinecarboxyliques ,Terramycine (Overman,1980) cette sensibilité est confirmée envers les fluoroquinolones (ciprofloxacine), aux aminosides (sauf la streptomycine), à la tétracycline, au chloramphénicol aux carbapénèmes, à la polymyxine, à la gentamicine et au sulfaméthoxazole-triméthoprime (Ko, 2003).
En général presque toutes les bactéries du genre Aeromonas sont résistantes à la pénicilline, à l’ampicilline, à l’amoxicilline, à la ticarcilline, à la carbénicilline et à la céfalotine (Saavedra et al, 2004).
Selon la taxonomie ribosomique Aeromonas hydrophila englobe les sous-espèces suivantes :
- Aeromonas hydrophila subsp anaerogenes,
- Aeromonas hydrophila subsp decolorationis,
- Aeromonas hydrophila subsp dhakensis,
- Aeromonas hydrophila subsp hydrophila ATCC 7966,
- Aeromonas hydrophila subsp ranaei