Les bactéries aquatiques en Algérie, étudiées dans les zones humides classées Ramsar d’Oran et de Bechar, révèlent une diversité significative avec 35 souches isolées. L’analyse de leur résistance aux antibiotiques et de leur contenu plasmidique souligne leur importance écologique et leur potentiel biotechnologique.
Les principales familles bactériennes aquatiques :
Selon (Lucas, 2011) les familles bactériennes les plus répandues dans les habitats aquatiques se distinguent par leur caractère ubiquitaire qui leur permet de se croître dans plusieurs milieux y compris le sol, les denrées agro-alimentaires mais l’eau reste un endroit privilégié par sa richesse en matière organique et éléments minéraux indispensables au métabolisme microbien et ces facteurs abiotiques optimaux permettant la survie de toutes sortes de micro-organismes.
On trouve ceux appartenant aux groupes suivants :
Les bacilles gram(-) :
- Enterobactereaceae, Pseudomonaceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae, Flavobacteriaceae.
Les bacilles gram(+) :
- Clostridiaceae, Bacillaceae, Lactobacillaceae
Les coques gram(+) :
- Micrococaceae, Staphylococaceae, Streptococcaceae
La famille des Enterobactereaceae :
La famille des Enterobactériaceae regroupe des bacilles Gram négatifs, mobiles (ciliature péritriche) ou immobiles, asporulés, aéro-anaérobies facultatifs, oxydase négatif, catalase positif cultivant sur milieux ordinaires, fermentant le glucose avec ou sans production de gaz et possédant une nitrate réductase (exception pour certaines souches d’Erwinia) (Buchaman et Gibbons, 1974; Violet, 2013).
Les principaux genres décrits dans cette famille sont : Escherichia, Citrobacter, Enterobacter, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus, Providencia, Salmonella, Shigella, et Yersinia.
Comme le nom l’indique, les bactéries de cette famille colonisent majoritairement le tube digestif de l’homme et des animaux, les membres appartenant à cette famille peuvent être saprophytes, pathogènes opportunistes ou pathogènes spécifiques responsables notamment d’infection à transmission hydrique. Il s’agit de : Escherichia coli, Salmonella typhi et paratyphi, Shigella dysentriae et de Yersinia enterolitica selon les mêmes auteurs.
Le genre Escherichia
Le genre Escherichia comprend cinq espèces : E.coli, E. fergusonii, E.hermannii, E.vulneris, et une espèce très rare isolée de blattes : E. blattae. Ces espèces sont différenciées sur la base de l’hybridation ADN/ADN et par leurs caractères biochimiques respectifs (Moustardier, 1972 ; Gastinel et al, 1957 et Violet, 2013).
L’espèce E.coli appartient à la famille des Enterobacteriaceae qui se définit par les caractères suivants : bacilles à Gram négatif (2 à 4 μ de long sur 0,4 à 0,6 μ de large), mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles, poussant sur milieux de culture ordinaires, aéro-anaérobies facultatifs, fermentant le glucose avec ou sans production de gaz, réduisant les nitrates en nitrites, dépourvus d’oxydase (Anonyme, 2003 ; Violet, 2013).
Le genre Shiguella
Les Shiguella sont des entérobactéries à faible pouvoir métabolique, toujours immobiles elles sont extrêmement proches des E.coli, mais ne fermentant pas le lactose. Elles ont les caractères suivants elles n’ont pas d’uréase, fermentent le glucose sans production de gaz (à l’exceptions avec certains biotypes de S.flexneri 6 et S.boidii 13 et 14 et S.dysenteriae 3), elles ne produisent jamais d’H2S, et absence de LDC et de tryptophane-désaminase, ne donnent pas de culture sur milieu citrate de Simmons, sensible à l’ampicilline et fluoroquinolones la virulence est liée à la présence de grands plasmides (120-140 Md) (Anonyme, 2003 ; Violet, 2013).
Le genre Citrobacter
Les souches du genre Citrobacter sont constituées de bacilles droits, isolés ou groupés en paire, d’environ 1,0 µm de diamètre sur 2,0 à 6,0 µm de longueur et présentant les caractères généraux de la famille des Enterobacteriaceae, selon (Farmer, 1985 ; Violet, 2013).
Classiquement, le genre Citrobacter rassemblait des entérobactéries mobiles, capables d’utiliser le citrate de sodium comme unique source de carbone, ONPG positive, LDC négative, phénylalanine désaminase négative et Voges-Proskauer négative. L’absence de production d’acétyl-méthyl-carbinol, l’absence de phénylalanine désaminase et l’absence de lysine décarboxylase sont observées pour toutes les souches mais, la mobilité, la croissance sur le milieu au citrate de Simmons et l’ONPG sont des caractères variables.
La croissance des Citrobacter sp est facilement obtenue sur gélose nutritive et les colonies sont généralement lisses, légèrement convexes, translucides ou opaques, à contour régulier et leur diamètre est de 2 à 4 mm après 24 heures d’incubation à 35 °C ou à 37 °C. Occasionnellement, les colonies peuvent avoir un aspect rugueux ou muqueux.
De nombreuses souches de Citrobacter amalonaticus, de Citrobacter braakii, de Citrobacter farmeri, de Citrobacter freundii, de Citrobacter koseri, de Citrobacter sedlakii, de Citrobacter werkmaniiet de Citrobacter youngae sont aptes à cultiver dans des milieux d’enrichissement comme les bouillons au sélénite et au tétrathionate et sur des géloses sélectives comme la gélose Salmonella-Shigella, la gélose désoxycholate citrate ou la gélose au vert brillant.
Sur ces milieux sélectifs, les colonies n’acidifiant pas le lactose (ou acidifiant tardivement le lactose) ou produisant de l’hydrogène sulfuré peuvent être confondues avec des colonies de salmonelles, les souches de Citrobacter sp sont généralement sensibles à la gentamicine, à la tobramycine, à l’amikacine, au chloramphénicol, à la colistine, à la ciprofloxacine et à l’imipénème.
Une résistance est observée pour l’ampicilline, la streptomycine, les sulfamides selon la littérature scientifique (Farmer, 1985).
Le genre Klebsiella
Les espèces du genre Klebsiella sont présentes dans le monde entier, en particulier dans les régions tropicales et subtropicales. Elles sont ubiquistes, c’est-à-dire qu’on les rencontre partout, notamment dans les milieux forestiers, la végétation, le sol, l’eau et les muqueuses des espèces hôtes.
Les espèces du genre Klebsiella sont des bactéries Gram négatif en forme de bâtonnet, non mobiles et généralement encapsulées, qui appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae. Ces bactéries produisent de la lysine-décarboxylase, mais pas d’ornithine-décarboxylase, et donnent en général un résultat positif au test de Voges-Proskauer.
Elles sont habituellement des anaérobies facultatifs, et leur taille varie de 0,3 à 1,0 µm de largeur et de 0,6 à 6,0 µm de longueur. Les espèces du genre Klebsiella forment souvent des colonies mucoïdes parmi les espèces on trouve K. granulomatis, K.oxytoca, K.pneumoniae (espèce-type), K.singaporensis (Janda, 2006 ; Abbott, 2007).
Le genre Enterobacter
Enterobacter est un genre de bactérie appartenant à la famille des Enterobacteriaceae ; il s’agit d’un bacille à coloration de Gram négatif, mesurant 0,6 à 1 μm de diamètre et 1,2 à 3 μm de longueur; ils se déplacent grâce à un flagelle péritriche et sont dotés de pilus de classe chimio-hétérotrophe.
L’habitat est l’intestin de l’Homme et des animaux, Enterobacter est aussi trouvé dans les selles, les eaux d’égouts, le sol, les produits laitiers certaines souches du genre Enterobacter peuvent être responsables d’infections nosocomiales parmi Les espèces on trouve E. cloacae, E. aerogenes.
Les espèces du genre Enterobacter sont résistantes à l’ampicilline, aux céphalosporines de première et de deuxième génération et à la céphalothine selon la littérature scientifique (Abbott, 2007).
Le genre Salmonella
Elles appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae et sont des bâtonnets mobiles, Gram (-), aérobies et facultativement anaérobies. Elles fermentent le glucose, le maltose et le mannitol, avec production de gaz, mais elles ne fermentent pas le saccharose.
Elles réduisent le sulfite en sulfure et décarboxylent la lysine, rencontrée dans le milieu marin, les exutoires d’eaux usées constituent la principale source de pollution par les salmonelles, elles sont : lactose (-), uréase (-), H2S (+), citrate (+). Certains sérovars ont des caractères particuliers selon la littérature scientifique (Leclerc et al, 1995).
Le genre Yersinia
Bactérie ubiquitaire, trouvée chez l’animal et dans l’environnement (sol, eaux), contaminant l’homme et les animaux par voie digestive, Les Yersinia présentent les caractères généraux des Enterobacteriaceae cités précédemment.
Les éléments importants de l’identification sont : l’absence de mobilité à 37°C et la mobilité en dessous de 29°C. La réaction de l’uréase est toujours fortement et rapidement positive. Le test de l’ONPG est positif. L’absence de LDC et d’ADH est constante. La production de H2S et la culture sur citrate de Simmons sont négatives sensible à la streptomycine, la tétracycline et le chloramphénicol selon la littérature scientifique (Anonyme, 2003 ; Violet, 2013).