Cette étude révèle comment les stratégies de mise en œuvre des zones humides peuvent influencer la biodiversité microbienne. Découvrez les implications éco-bactériologiques et enzymatiques des zones classées Ramsar en Oran et Bechar : quelles découvertes pourraient transformer notre compréhension de ces écosystèmes?
4. L’Antibiogramme :
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A9
A7
Photo 21: Antibiogramme des bactéries A7, A8, A9 de la famille des Enterobactereaceae isolées de la zone humide de Djorf torba
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M7
M8
Photo 22 : Antibiogramme des bactéries M7, M8, M9 de la famille des Enterobactereaceae isolées de la zone humide Macta
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Photo 23 : Antibiogramme des bactéries T7, T8 de la famille des Enterobactereaceae isolées de la zone humide Télamine
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A1
M1
A12
M12
T12
Photo 24 : Antibiogramme des bactéries A1, M1, A12, M12, T12 appartenant à la famille des Bacillaceae des trois zones humides
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A3
M3
T3
Photo 25 : Antibiogramme des Bactéries A3, M3, T3 appartenant à la famille des Pseudomonaceae des trois zones humides
Antibiogramme des Enterobactereaceae :
Les six antibiotiques utilisés pour les bactéries appartenant à la famille des Enterobactereaceae (AMX, AM, S, GN, K, C) ayant des mécanismes d’action différents sélectionnent des bactéries antibiorésistantes qui se diffèrent d’entre –elles selon l’origine d’isolement et la résistance ou la sensibilité envers ces antibiotiques.
Pour les bactéries appartenant au genre salmonella A7, M7, T7:
On constate pour les trois souches A7 ,M7,T7 appartenant au genre salmonella qui présentent une différence significative car le A7 est résistante envers AMX,K alors que le M7 est résistante envers AMX,AM pour le T7 est sensible à toutes les antibiotiques testés ceci peut s’expliquer par une résistance naturelle des salmonelles envers ATB de la famille des B- Lactamines et quelques aminosides cette résistance peut être due à une B-Lactamase plasmidique ce qui reflète théoriquement la richesse du contenu plasmidique de ces derniers ceci confirme aussi l’identification de la souche car selon (Louis, 2011) une résistance naturelle est parmi les caractéristiques d’une espèce bactérienne et constitue une aide supplémentaire à l’identification.
La sensibilité envers GN, S fait aussi preuve de cette hypothèse d’après le même auteur quelques espèces des salmonelles sont résistantes envers AM ,AMC concernant le T7 il présente une sensibilité envers les 6 ATB ça peut être due à un changement mutationnelle suite à des facteur environnementales chimique ou physique ce qui altère l’ADN plasmidique et chromosomique de la souche vue que cette bactéries a été isolé de la zone humide de Télamine caractérisé par sa salinité élevé et une pollution chimique observée par les eaux des rejets industrielle les plus proches de son périmètre.
Pour les autres bactéries appartenant au genre Citrobacter A8 et M8 :
Le A8 a été résistant aux ATB suivant : S et AMX ainsi une sensibilité envers le reste, alors que le M8 a été résistant seulement à l’Amoxilline AMX ainsi une sensibilité envers le reste des ATB.
Cette résistance est naturelle est due à une Β-lactamases plasmidique ou chromosomique.
Pour la bactérie appartenant au genre Shiguella T8 :
Le T8 a été résistant à la K c’est une résistance naturelle à la famille des aminosides selon (Louis, 2011) ainsi une sensibilité envers les autres ATB.
Pour les bactéries appartenant à l’espèce d’Escherichia.Coli A9, M9:
Les deux bactéries A9 et M9 appartenant à l’espèce E.coli ont été sensible envers les six ATB
Cette sensibilité (manque de résistance) envers les antibiotiques testés ne peut être expliqué que par l’absence des plasmides de résistances codant pour les mécanismes de résistances enzymatiques tels les β-lactamases et autres enzymes lytiques dégradant les ATB, en effet suite aux longues périodes de conservation de ses deux souches avant la mise en antibiogramme provoque la perte des plasmides y compris celle de résistances, autrement on peut trouvé une autre explication à cette sensibilité par l’effet mutationnel qui provoque par conséquence un changement de conformation génétique ce changement est due généralement à des facteurs environnementaux physiques ou chimiques, dont le facteur responsable de mutation reste indéterminé.
Pour bien éclaircir l’antibiorésistance des Enterobacteraceae issue d’un environnement aquatique tel le cas de notre étude sur les zones humides, il faut faire une interpellation des travaux apparentés menés sur l’antibiorésistance ,dans le cadre du PIREN-Seine en Belgique qui ont mis en évidence des taux de résistance aux antibiotiques parfois élevés chez les bactéries fécales rencontrées dans les rivières du bassin de la seine, l’usage croissant et massif d’antibiotiques a induit une certaine résistance des bactéries envers ces substances (ATB) (Servais et al, 2010).
On outre, des Escherichia coli qui ont été isolée d’échantillons de rivières du bassin de la Seine leur résistance à divers antibiotiques a été testée les mesures ont montré une présence significative de bactéries fécales antibiorésistantes (Servais et Passerat, 2009),selon le même auteur ,on rencontre couramment des bactéries résistantes aux antibiotiques dans les milieux où ceux-ci sont utilisés mais également dans divers environnements naturels comme le milieu aquatique (Servais et al, 2010),l’étude de l’antibiorésistance a montré que quatre sources de bactéries fécales caractérisées par des origines différentes des bactéries pouvaient être classées par taux de résistance décroissants : eaux usées hospitalières (bactéries fécales provenant de patients hospitalisés), eaux usées domestiques (bactéries fécales d’origine principalement humaine), rejets agricoles (bactéries fécales provenant des animaux d’élevage) et enfin ruisseaux forestiers (bactéries fécales provenant des animaux sauvages).dont l’analyse de ces résultats a indiqué que la source principale de bactéries d’Enterobactereaceae antibiorésistantes trouvées dans les rivières était les eaux usées domestiques (Servais et Passerat, 2009).
Les résultats de l’antibiorésistance des bactéries de la famille des Enterobactereaceae issues d’un environnement aquatique tel le bassin versant de la seine en pleine agglomération parisienne de l’étude réalisée par (Servais et Passerat, 2009), corroborent avec nos résultats obtenue pour presque la même expérience sauf qu’avec quelques différences distinctives comme les E.coli, qui ont été résistante envers plusieurs ATB sur un totale d’échantillon assez représentative alors que dans le cas de notre étude ont été sensibles envers quelques ATB.
Antibiogramme des Bacillaceae :
Toutes les bacilles gram + présentent une résistance envers les B-Lactamine en particulier les pénicillines (G, amino pénicilline et carboxy pénicillines) et l’Oxacilline selon Louis, 2011.
On a choisi pour l’antibiogramme des 5 souches du genre Bacillus 6 ATB (P, OX, N, C, S, GM) selon toujours les recommandations de Louis on a constaté ainsi une résistance envers le P, OX pour toutes les 5 souches cette résistance est naturelle sauf qu’ une remarque importante nous attire l’intention par l’absence de résistance envers la chloramphénicol pour les Bacillus cereus A12, M12, T12 des 3 zones humides et même pour les autres bacillus les souches de l’espèce cereus résistent par la production des transférase plasmidique qui acétyle la molécule (Yala et al, 2001), la longue conservation des souches de cereus peut être la cause d’une perte de plasmides et par conséquence l’absence des transférases .la résistance au P,OX est enzymatique mais non lié au plasmides par production des B-Lactaminases chromosomiques
Les profils de résistance des tests antibiotiques variant en fonction de la zone géographique, les résultats attendus sont donc directement dépendants de l’écologie microbienne locale (espèces / mécanismes de résistance) (Louis, 2011)
Une résistance naturelle semble très répandue chez les bactéries aquatiques autochtones (Servais et al, 2010).
Antibiogramme des Pseudomonadaceae :
Les Pseudomonas.aeroginosa et les espèces avoisinantes telles les Pseudomonas.fluorescent sont résistant généralement aux aminopenicilines, céphalosporine première et deuxième génération la Kanamycine et autres ATB (Louis, 2011),on remarque d’après les photos de l’antibiogramme que les 3 souches aquatiques A3, M3, T3 appartenant à l’espèce Pseudomonas.fluorescent présentent une résistance naturelle envers l’ampicilline par contre une absence de résistance envers la streptomycine selon (Sarniguet et al,1995) , plusieurs souches de P. fluorescens comme P.f-5 et JL3985, ont développé une résistance naturelle à l’ampicilline et la streptomycine, ces antibiotiques sont régulièrement utilisés dans la recherche biologique comme outil de pression sélective pour promouvoir les plasmides d’expression (Alain Sarniguet et al ,1995),une résistance naturelle envers l’Amoxilline vient s’ajouter pour les trois souches de Pseudomonas.fluorescent ce qui prouve et confirme d’une part l’identification correcte par les moyens d’identifications classiques utilisés dans se sens et d’autre part vient s’appuyer l’approche de Louis, qui dit que les Pseudomonas.aeroginosa et les espèces avoisinantes telles les P. fluorescente sont résistantes à la classe des aminopenicilines y compris l’Amoxilline (Louis, 2011), cette résistance est enzymatique due à l’action des transférases qui phosphorylent, acétylent ou adénylent certains sites de la molécule (Yala et al, 2001).On constate une résistance intermédiaire ou acquis envers la Kanamycine pour les trois souche A3,M3,T3 ceci est expliquer par le faite que les bactéries antibiorésistantes (flore allochtone ou d’origine hospitalier ) rejoignent le milieu aquatique naturel via les eaux usées et s’y retrouvent en présence des bactéries autochtones auxquelles elles sont susceptibles de transférer leur antibiorésistance par échange de matériel génétique.
Dans un tel schéma, le milieu aquatique représenterait alors une source de dissémination de l’antibiorésistance (Servais et al, 2010),cette explication hypothétique reste toujours théorique car d’autre part des pourcentages non négligeables de résistances aux antibiotiques testés ont été mesurés pour les bactéries autochtones des échantillons environnementaux et l’absence de relation entre les pourcentages de résistances des E. coli et des bactéries autochtones dans les échantillons environnementaux ne permet pas de démontrer un transfert de l’antibiorésistance des bactéries fécales vers les autochtones (Servais et al, 2010),une résistance naturelle semble très répandue chez les bactéries aquatiques autochtones (Servais et al, 2010),il faudrait mettre en compte aussi que pour l’absence de la résistance naturelle envers certains antibiotiques sa peut être due à des mutations et par conséquence un changement de la conformation génétique partielle (Yala et al, 2001).Vue que les profils de résistance des tests d’antibiotiques variant en fonction de la zone géographique, les résultats attendus sont donc directement dépendants de l’écologie microbienne locale (espèces / mécanismes de résistance) (Louis, 2011),la sensibilité des trois souches envers la gentamycine antibiotique de la famille des aminosides semble être naturelle si en prend en considération le pouvoir thérapeutique de ce dernier et sa concentration imprégné dans le disque ainsi le chloramphénicol car aucun auteur n’a signalé une résistance naturelle des Pseudomonas envers la famille des Phénicoles.