Staphylococcus et Streptococcus en Algérie sont étudiés dans le cadre d’une recherche sur l’éco-bactériologie des zones humides classées Ramsar à Oran et Bechar. L’analyse de 35 souches bactériennes révèle leur résistance aux antibiotiques et leur contenu plasmidique, soulignant leur adaptation à des conditions environnementales extrêmes.
La famille des Staphylococcaceae :
Leurs caractères Ubiquistes et saprophytes expliquent que ces germes soient aussi des commensaux,présentent un habitat similaire aux Microcoques,ces bactéries survivent et prolifèrent du fait de leur particulière résistance aux conditions hostiles de l’environnement, telle que la chaleur (résistent une heure à 60°C), la sécheresse (survivent plusieurs mois dans des produits pathologiques desséchés) ou à la salinité de l’eau sont des cellules sphérique de
0.5 à 25 µm généralement regroupées en amas, ils sont immobiles et ne forment pas de spores ils sont aérobies ou anaérobies facultatifs, Gram (+), catalase (+), fermentent les sucres en produisant de l’acide lactique selon la littérature scientifique et (Leclerc et al ,1995).
a. L’espèce Staphylococcus.aureus
L’espèce Staphylococcus aureus ou « staphylocoque doré » possède toutes ces caractéristiques, ajoutant à cela qu’elle est coagulase (+), il est à noter que les staphylocoques sont ubiquistes, très largement distribués dans l’environnement selon (Leclerc et al, 1995). Parmi ces espèces, S. aureus revêt plus d’intérêt quant à la pollution des eaux littorales, deux autres espèces (S. epidermidis et S. saprophyticus) sont assez fréquemment rencontrées dans l’eau la recherche des staphylocoques présente un intérêt pratique surtout dans les eaux destinées à la baignade selon (Gaujous, 1995 et Rodier et al, 1996).
Cependant, S.aureus reste l’espèce la plus recherché dans les eaux lors de contrôle bactériologique selon (Delarras et Trébaol, 2003).
La famille des Streptococcaceae :
Les Streptococcus ou streptocoques sont des bactéries en forme de petites billes plus ou moins ovoïdes elles forment des chaînettes ou des paires appelées diplococoques. On retrouve des streptocoques un petit peu partout dans la nature selon la littérature scientifique et (Violet,2013).
a. Le genre Streptococcus et les Streptocoques fécaux
Les Streptocoques fécaux trouvés en les milieux aquatiques sont des streptocoques du groupe sérologique D de LanceField, ce groupe comprend les espèces suivantes : S. faecalis, S.faecium, S.durans, S.bovis et S.equinus qui sont d’excellents indicateurs de pollution fécale, mais leur spécificité est variable selon les espèces : S.faecalis domine chez l’homme ; S.faecium se retrouve chez le bétail et surtout chez le mouton de même que S.bovis ; S.equinus ne vit que dans l’intestin du cheval. Ce sont aussi des hôtes normaux de l’intestin de l’homme et de certains animaux à sang chaud selon la littérature scientifique et (Evans et al,2006).
A coté du groupe D on trouve autres groupes sérologiques dans la bactériologie médicale comme : Streptococcus pyogenes ou streptocoque A, Streptococcus agalactiae ou streptocoque B, Streptococcus pneumoniae ou pneumocoques selon l’ex auteur et (Violet,2013).
Les streptocoques sont sensibles à la pénicilline mais depuis quelques années ces microbes deviennent de plus en plus résistants aux antibiotiques classiques selon la littérature scientifique selon la littérature scientifique et (Evans et al,2006).
La famille des Leuconostocaceae :
Les Leuconostocaceae est une famille de bactéries Gram-positives placé dans l’ordre de Lactobacillales parmi les genres représentatifs comprennent : Leuconostoc, Oenococcus, les bactéries qui appartiennent à ces genres sont à Gram positif, non sporulée, ronde ou de forme allongée, sont anaérobies ou aérotolérants ils habitent généralement des environnements riches en nutriments tels que le lait, la viande, les légumes et les boissons fermentées selon la littérature scientifique et (Björkroth et Holzapfel ,2006).
L’acide lactique est le produit final de leur métabolisme des glucides ,sont hétérofermentaires la phylogénie de cette famille de Leuconostocaceae a été évaluée récemment par (Chelo et al 2007).
a. Le genre Leuconostoc :
Ce genre regroupe des bactéries de forme coccoide ou cocco-bacillaire, hétérofermentaires produisant l’acide D-lactique à partir du glucose et ne produisant pas l’ammoniac à partir de l’arginine (Axelsson, 2004) , sont habituellement rencontrées sur les végétaux ainsi que les produits laitiers car ils sont utilisé en industrie laitière mais peuvent rejoindre l’environnement aquatique (les eaux de surfaces) par les rejets de ses derniers dans la nature selon la littérature scientifique.
La famille Spirillaceae :
Les Spirillaceae forment un groupe de bactéries très particulier par sa forme de spirale, ces bactéries sont aérobies stricts ou micro aérophiles, sont mobiles grâce à des flagelles à leurs pôles. Elles sont rencontrées dans les eaux douces stagnantes (étangs, lacs) ; il existe deux espèces, Spirillum.volutans et Spirillum.winogradskyi la position taxonomique de Spirillum moins et Spirillum.Pulli est incertain selon la littérature scientifique.
a. Le genre Spirillum
Le Spirillum sont des bactéries de grandes spirilla (formes spirales), chimiotrophe 1,4 à 1,7 micromètres de diamètre et jusqu’à 60 micromètres de longueur, avec entre moins d’une à cinq spires hélicoïdales. Ils ont la structure cellulaire rigide hélicoïdale par rapport à la structure cellulaire souple de spirochètes. La forme du corps a été rapportée en tant que forme du corps coccoide, mais il a été dit d’être semblable à la forme du corps microkyste bien que la bactérie n’a aucune relation avec les microkystes formés
par les myxobactéries. Ils ont les caractéristiques suivantes : forme de croissant bipolaire de flagelles qui les aident dans leur mouvement en tournant à des vitesses élevées, « la formation des cônes orientés de la révolution qui inversent leur configuration lors de l’inversion du sens de natation » selon la littérature scientifique et (Krieg ,1976).
Bien que les cellules possèdent plus d’un flagelle, elles sont situées en touffes sur la cellule où l’agrégat de flagelles individu en un seul fascicule qui ressemble à un unique flagelle pendant la coloration ordinaire. Les bactéries contiennent des granules (volutin) composés de poly- bêta-hydroxybutyrate (PHB) plutôt que de polyphosphate, qui est ce que le terme « volutin » est venu à signifier.
Ils ont un type strictement respiratoire du métabolisme et sont microaérophiles ils ont besoin d’une atmosphère de 1 à 9% d’oxygène pour la croissance. Bien que l’activité catalase soit faible, les réactions positives ont été constatées pour l’oxydase et des tests de phosphatase. La bactérie peut également ne pas réduire les nitrates et ne peut donc pas se développer en anaérobiose en utilisant du nitrate, il ne s’oxyde pas ni fermenter les hydrates de carbone.
Il n’a pas été appelé à passer par hydrolyse de la caséine, la gélatine, l’amidon, ou esculine. Apparemment, la croissance de la bactérie est exceptionnellement inhibée dans le peptone-succinate sels (PSS) de bouillon en raison des faibles concentrations de phosphate selon la littérature scientifique (Krieg ,1976).
La famille Listeriaceae :
La famille des Listeriaceae est définie principalement sur la base des analyses phylogénétiques déduites de l’étude des séquences des ARNr 16S, se sont des courts bacilles à gram positif, non sporulés, pouvant donner des formes filamenteuses et dont le peptidoglycane contient de l’acide méso-diaminopimélique, les ménaquinones sont les seules quinones respiratoires, les lipides constitutifs comprennent des acides gras saturés non ramifiés et des acides gras ramifiés ,le type respiratoire est aéro-anaérobie, la fermentation du glucose conduit à la production de lactate et d’autres composés, Listeriaceae inclut les genres Brochothrix et Listeria selon la littérature scientifique et (Ludwig et al, 2009).
a. L’espèce Listeria monocytogenes :
Listeria est un petit bacille (0,5 – 2 μm x 0,5 μm), Gram positif, isolé ou en chaînettes, mobile à 20-25 °C, non sporulé. Aéro-anaérobie facultatif, catalase positive sauf de rares souches, hydrolysant l’esculine, oxydase négative, Listeria fermente de nombreux glucides sans production de gaz.Les souches de L. monocytogenes sont toujours D-xylose négatives et produisent des lécithinase. Elles sont généralement β-hémolytiques et L-rhamnose positives. L’espèce monocytogenes est divisée en 13 sérovars basés sur les antigènes somatiques et flagellaires.L. monocytogenes est une bactérie ubiquiste, tellurique, très largement répandue dans l’environnement, et résistante dans le milieu extérieur (sol, lacs, rivières, eaux d’égouts ou de baies, la végétation principalement en décomposition, etc.) selon la littérature scientifique et (Ryser et Marth, 1999).
La famille Alcaligenaceae :
Les Alcaligenaceae sont des bactéries à coloration Gram négative. Presque tous les membres de cette famille sont aérobies et chimiorganotrophes. Certaines espèces sont capables d’utiliser différents accepteurs terminaux de l’oxydation. Ainsi certains genres, membre de cette famille sont capables de se développer en environnement anaérobie (par exemple certaines souches du genre Alcaligenes faecalis). Dans ces conditions les nitrates peuvent être utilisés comme accepteur électronique final (dénitrification). Des nombreuses espèces utilisent des acides organiques et différent acide aminées comme source de carbone. Souvent les bactéries sont mobiles grâce aux flagelles péritriches. Quelques espèces pathogènes sont membres de cette famille systématique selon (George et Garrity, 2005).
a.L’espèce Alcaligenes faecalis :
Alcaligenes faecalis est une Gram négatif , en forme de tige, mobile, non-nitrate réduisant, oxydase positif, catalase positive alpha hémolytique et citrate positif aérobie obligatoire qui se trouve couramment dans l’environnement. Il a été initialement nommé pour sa première découverte dans les excréments, mais plus tard a été jugée beaucoup plus fréquente dans d’autres endroits aussi. La croissance optimale se produit à environ 37°C sans pigmentation. Alors que les infections opportunistes se produisent, la bactérie est généralement considéré comme non pathogène. Lors d’une infection opportuniste ne se produit pas, il est généralement observé sous la forme d’une infection des voies urinaires. La bactérie dégrade l’urée, la création de l’ammoniac, qui augmente le pH de
l’environnement. Bien que A. faecalis est considéré comme étant tolérant alcaline, on maintient un pH neutre dans son cytosol pour empêcher l’endommagement ou la dénaturation de ses espèces et de macromolécules chargées. A. faecalis a été utilisé pour la production d’ acides aminés non standard ,elle se trouve normalement dans le sol, l’eau et les milieux, en association avec les humains selon (George et Garrity, 2005).
Facteurs influant sur la teneur microbienne globale :
1. Facteurs physico-chimiques :
a. La sédimentation :
directe ou indirecte (après adsorption), elle détermine la disparition momentanée des microbes. Cette disparition peut être provisoire, car il peut y avoir remise en suspension des sédiments et des bactéries. Très efficace en eaux calmes, elle se trouve amoindrie par la turbulence du milieu selon (Maurin, 1974)
b. La lumière :
elle intervient sur la dispersion (dilution, adsorption, sédimentation) dans le sens où elle conditionne les mouvements verticaux et horizontaux des masses planctoniques. Une action bactéricide directe de la lumière ultraviolette est en principe admise, mais est très modeste selon (Brisou et Denis, 1978) ; car son action ne dépasse pas une profondeur de 0.05m à 0.20m selon la turbidité selon (Maurin, 1974).
c. La température de l’eau :
la décroissance des bactéries augmente avec la température de l’eau. Ainsi, en période estivale, celle-ci est un des facteurs majeurs de l’épuration microbienne selon (Flint, 1987).
d. Variations de pH :
au plan microbiologique, les fluctuations naturelles de pH n’interviennent pratiquement pas. Par contre elles jouent un rôle dans les mouvements de masses planctoniques selon (Brisou et Denis, 1978).
e. La salinité :
les fortes variations de salinité d’un milieu à l’autre, ont tendance à empêcher l’accoutumance des bactéries allochtones à leur nouveau milieu, ce qui conduit à la décroissance de leur nombre selon (Maurin, 1974).
2. Facteurs biologiques
a. Compétition interspécifique:
la présence des microorganismes autochtones, plus aptes à se multiplier dans leur milieu naturel, implique la décroissance des bactéries allochtones selon (Flint, 1987).
b. Prédation :
On peut citer les :
Les Bactéries prédatrices : comme des Vibrion (groupe de bactéries de petite taille qui se fixent sur d’autres bactéries pour les « dévorer » ; ce sont des vibrions très mobiles qui n’attaquent que les bactéries Gram négatif) selon (Pelmont, 1993) et les Myxobactéries (germes à Gram négatif ayant pour singularité d’hydrolyser les molécules insolubles, de lyser les cellules bactériennes et de les utiliser comme substrat) selon (Brisou et Denis, 1978).
c. Les bactériophages :
extrêmement répondus dans la nature ; ils parasitent et détruisent bactéries et Cyanophycées. Ils peuvent détruire une population bactérienne entière ou seulement une partie de celle-ci, s’intégrer dans le chromosome pour établir la lysogénie selon (Brisou et Denis, 1978).
d. Les prédateurs microphages :
ce sont tous les organismes qui se nourrissent de microbes. Ils sont représentés par les amibes, les flagellés, les ciliés ou des êtres plus évolués tels que les mollusques filtrants qui absorbent une grande quantité de bactéries et de virus avec leur nourriture. Il faut souligner que pour ces deux derniers, les germes absorbés ne sont pas nécessairement détruits selon (Brisou et Denis, 1978).
Ainsi il a été montré que les prédateurs peuvent fortement influencer les taux de décomposition de la matière organique selon (Lucas, 2011).