Flavobacteriaceae en zones humides sont étudiées dans les sites Ramsar de la région d’Oran et de Bechar, où 35 souches bactériennes ont été isolées. L’analyse porte sur leur résistance aux antibiotiques et leur contenu plasmidique, révélant des insights sur l’écologie microbienne locale.
- La famille des Flavobacteriaceae:
Selon Bernardet et al les Flavobacteriaceae sont des bactéries commensales de forme bacilles à Gram négatif aérobies, 2-5 µm de long, 0,3-0,5 µm de large, avec extrémités arrondies ou coniques qui sont mobiles par glissement, jaune (crème à l’orange comme couleur de colonies sur gélose, décomposent plusieurs polysaccharides sauf la cellulose, le contenu G+ C est de 32-37%, et sont largement distribués dans les habitats de sol et d’eau douce, sédiments des lacs ,les rivières, eau de mer et environnement marin ,par leur biosynthèse d’enzymes dans les eaux douces certains espèces pourront dégrader la cellulose et la pectine (Bernardet et Nakagawa, 2003).
La famille des Flavobacteriaceae est en pleine expansion ! À titre d’exemple, 13 nouveaux genres ont été validement publiés entre le 1er janvier 2005 et le 12 juillet 2005
Les réponses aux tests catalases, oxydases et nitrates réductases sont variables certains espèces sont capable de dégrader des dérivées de la cellulose solubles comme la carboxy – méthyle- cellulose selon la littérature scientifique et l’ex auteur.
a. L’espèce Flavobacterium.sp
Parmi les types d’espèces on trouve : F. columnare, F. psychrophilum, F. branchiophilum, F. aquatile; F. ferrugineum; F. johnsoniae; F. limicola; F. micromati; F. psychrolimnae, F
.aquatile selon (Violet,2013).
Le Flavobacterium psychrophilum provoque le syndrome de maladies rainbow et la maladie bactérienne de l’eau froide (Bernardet et Nakagawa, 2003).
- La famille Clostridiaceae :
La famille des Clostridiaceae est une famille qui renferme que le genre Clostridium, elle est composée en 153 espèces selon la nomenclature anciennes et 73 espèces selon la taxonomie phylogénétique à la base de l’analyse de l’ARN ribosomique.
Le non est défini par le schéma taxonomique de «Manuel de bactériologie systématique de Bergey» qui contient comme noyau le genre Clostridium appartenant aux Bacilles gram (+) anaérobies stricts selon les caractéristiques morphologiques et biochimiques de base selon la littérature scientifique et (Violet,2013).
Les Clostridium sulfito-réducteurs :
Se sont des bacilles, gram positif, anaérobies strictes, isolées en chaînettes, mobiles, sporulées, catalase positif, réduisant le sulfite de sodium en sulfures, se présente sous forme de spores (Rodier et al, 1996). Elles regroupent les espèces de Clostriduim telles que : Cl. Perfringens, Cl. Bifermentans, Cl. Sporogenes leur dénomination est due au fait que ces espèces sont capables de produire de l’hydrogène sulfuré H2S à partir du sulfure de sodium présent dans le milieu celui-ci se combine avec du citrate de fer ammoniacal ou de
l’alun de fer pour donner du sulfure de fer noir ,c’est le cas par exemple dans la gélose-viande-foie- sulfite-citrate pour les sulfito-réducteurs les colonies entourées d’un halo noir sont présomptives de bactéries anaérobies sulfitoréductrices, ces colonies devront ensuite être confirmées pour leur appartenance au genre Clostridium ces germes ont été considérés comme des germes indicateurs de contamination dans les eaux pendant plusieurs décennies, leur rôle en tant qu’indicateurs de pollution fécale est controversé depuis les années 1980 selon (Delarras et Trébaol, 2003).
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1. L’espèce Clostriduim.perfringens
L’espèce la plus spécifique parmi le groupe de Clostridium sulfito réducteurs, est un germe ubiquiste, elle est présente dans les matières fécales mais elle peut être isolé des eaux superficielles, des vases, des boues elle est considéré comme pathogène pour l’homme et les animaux par 6 types toxinogènes selon (Delarras et Trébaol, 2003). .
- La famille des Lactobacillaceae :
La famille des Lactobacillaceae est un groupe de bactéries à gram positif, immobiles, de formes et dimensions variables anaérobies facultatives, l’origine du nom vient du fait que la plupart de ses membres convertissent le lactose et d’autres sucres simples en acide lactique, quelques espèces de lactobacilles sont utilisées industriellement pour la production du yaourt
et d’autres produit alimentaires on peut le rencontrés en environnement dans les habitat aquatiques pollué par les rejets industriel des usines de produits laitiers ou libre à l’état saprophytique sauvage selon la littérature scientifique et (Violet,2013) on distingue deux types de Lactobacilaceae une appartenant Coques gram (+) aérobies catalase (-) renferme le genre Pediococcus et une autre famille appartenant au Bacilles gram (+),aérobies, catalase (-) englobe le genre Lactobacillus selon l’ex auteur.
a. Le genre Lactobacillus
beaucoup de lactobacilles ont ce caractère exceptionnel parmi les êtres vivants qu’ils n’exigent pas de fer pour leur croissance et qu’ils ont une tolérance très haute envers l’eau oxygénée , des lactobacilles ont ce caractère inhabituel qu’ils opèrent en se servant du métabolisme homofermentatif (c’est-à-dire qu’ils ne produisent que de l’acide lactique à partir des sucres), et qu’ils sont aérotolérants en dépit de l’absence complète d’une chaîne respiratoire. Cette aérotolérance est dépendante du manganèse et a été étudiée dans le cas du Lactobacillus plantarum selon la littérature scientifique et (Makarova et al, 2006).
Les lactobacilles sont des hôtes très répandus comme commensaux et généralement utiles, On les trouve dans le transit gastro intestinale et ils constituent un élément important de la flore intestinale, beaucoup d’espèces jouent un grand rôle dans la décomposition de la matière végétale. La production d’acide lactique qui acidifie l’environnement selon la littérature scientifique et (Makarova et al, 2006).
Selon le métabolisme, les espèces de Lactobacillus peuvent être divisées en trois groupes:
- Homoférmentaire obligatoires (Groupe I), y compris :
L. acidophilus , L. delbrueckii , L. helveticus , L. salivarius
- Hétéro fermentaires facultatives (groupe II), y compris:
L. casei , L. curvatus , L. plantarum , L. Sakei
- Hétéro fermentaires obligatoires (groupe III) comprenant:
L. brevis , L. buchneri , L. fermentum , L. reuteri
- La famille des Bacillaceae :
Les Bacillaceae est une famille de bactéries Gram-positives , hétérotrophes en forme de tige, peuvent produire des endospores ,les membres de cette famille sont caractérisés par des flagelles péritriches. Certains sont aérobie , tandis que d’autres sont facultatives ou strictes anaérobies la plupart sont non- pathogènes , mais le genre Bacillus par ces espèces tel cereus sont connues pour causer des maladies chez les humains ,les genres de cette famille sont parfois familièrement identifiés comme des bacilles . Toutefois, ce terme est impropre, car il ne fait pas de distinction entre la classe des bacilles , ordre Bacillales , famille Bacillaceae et du genre Bacillus selon (Devos et al, 2008 ;Lim et al,2005).
a. L’espèce Bacillus cereus :
Les souches de B. cereus sont constituées de bacilles en forme de bâtonnet Gram positif de 1,4 µm habituellement observés en paires ou en chaînettes courtes, B. cereus est anaérobie facultatif, mobile et capable de former des endospores, et ses colonies blanches d’aspect granuleux font entre 2 et 7 mm de diamètre croissance est observée à des températures se situant entre 10-20 °C et 35-45 °C, la température optimale étant d’environ 37 °C, cereus c’est la colonie d’aspect cireux, ce germe est très répandu dans
la nature et les sols les eaux, se multiplient préférentiellement dans les denrées alimentaires, B. cereus est sensible à l’imipénem et à la vancomycine; la plupart des souches sont aussi sensibles au chloramphénicol, aux aminosides, à la ciprofloxacine, à l’érythromycine et à la gentamicine.
Certaines souches présentent une sensibilité modérée à la clindamycine et à la tétracycline B. cereus produit de grandes quantités de β- lactamases et est résistant à la pénicilline, à l’ampicilline, aux céphalosporines et au triméthoprime selon la littérature scientifique (From et al, 2005).
Il sera ensuite possible d’isoler le microorganisme sur une gélose B. cereus, à savoir sur une gélose Mossel (mannitol, jaune d’œuf, polymyxine B, aussi appelée MEYP) ou sur une gélose PEMBA (polymyxine B, jaune d’œuf, mannitol, bleu de bromothymol) selon la littérature scientifique (From et al, 2005).
c.L’espèce Bacillus thuringiensis
Est un bacille Gram positif, aérobie et sporulé. On le retrouve dans pratiquement tous les sols, l’eau, l’air et le feuillage des végétaux. Il fait partie d’un groupe de six bacilles, rassemblés sous le terme « groupe Bacillus cereus » : B. anthracis (responsable de la maladie du charbon), B. cereus, B. mycoides, B. pseudomycoides, B. weihenstephanensis et B. thuringiensis. À l’état végétatif, Bacillus thuringiensis a la forme d’un bâtonnet de 5µm de long sur 1µm de large, pourvu de flagelles. Il se distingue des autres bacilles du groupe cereus par sa capacité à synthétiser et excréter des cristaux mortellement toxiques selon la littérature scientifique (San-Fu, 2006).
- La famille des Micrococcaceae :
Sont aérobies ou aéro-anaérobies facultatifs, Catalase+, mobiles ou immobiles, asporulés et présentant toute une tendance à l’halophilie (toutes cultivent en présence de 5% d’Nacl et beaucoup en présence de 10 à 15%) selon la littérature scientifique (Buchaman et Gibbons, 1974).
1. Le genre Micrococcus
Le genre Micrococcus est une cocci gram-positive d’une taille de 0,5 à 3,5 micromètres de diamètre et généralement disposés en tétrades ou des groupes irréguliers. Ils sont généralement aérobies stricts et peuvent généralement réduire les nitrates. M. luteus s’oxyde hydrates de carbone en Co2 et en eau, et il ne produit pas d’acide à partir du glucose ainsi que cela ne fait pas l’arginine dihydrolase ou b-galactosidase. Certains Micrococcus sont des
bactéries pigmentées, par exemple, M. luteus produit des colonies jaunes et M. roseus produit des colonies rougeâtres. Les espèces Micrococcus sont des oxydase-positives, ce caractère peut être utilisé pour les distinguer des autres bactéries comme la plupart des espèces Staphylococcus,qui sont généralement oxydase négative. Les Micrococcus renferment les caractéristiques suivants ont la capacité de produire en aérobie l’acide à partir du glycérol de glucose, hydrolyse l’esculine par l’arginine dihydrolase, une grande production de pigment, la motilité et la conversion des nitrates en nitrites selon la littérature scientifique (Smith et al. 1999).
Les espèces du genre Micrococcus et d’autres genres étroitement apparentés sont présentes partout dans le monde et dans tous les milieux l’eau de mer et l’eau douce, le sol, les plantes, les vecteurs passifs, la poussière et l’air elles sont omniprésentes dans l’environnement selon la littérature scientifique.
Les espèces du genre Micrococcus sont relativement sensibles à la plupart des antibiotiques, y compris à la vancomycine, à la pénicilline, à la gentamicine et à la clindamycine, certaines souches montrent une résistance à la nitrofurantoíne, aux macrolides (érythromycine) et à la lincomycine, parmi les espèces appartenant à ce genre bactérien on trouve: M. luteus, M. lylae, M. antarcticus, M. endophyticus, M. flavus, M. terreus et M. yunnanensis selon la littérature scientifique (Liebl et al, 2002).
1. L’espèce Micrococcus.Leteus
M. luteus Il peut être trouvé dans beaucoup d’autres endroits dans l’environnement, ainsi, comme l’eau, la poussière et le sol. M. luteus peut bien pousser dans des environnements avec peu d’eau ou de fortes concentrations de sel. Ils se développent de façon optimale à 37 ° C et peuvent être facilement cultivées sur gélose d’azote inorganique ou citrate gélose de Simmon. Même si certains, comme Micrococcus antarcticus, sont adaptés au froid, et ont été trouvés vivants dans l’Antarctique et dans les milieux marins (Wieser, 2002).
M. luteus est coagulase négative, sensible à la bacitracine, et forme des colonies jaunes brillantes sur un milieu agar, afin de le différencier de Staphylococcus aureus, un antibiogramme à la bacitracine peut être réalisé, il a été montré que M. luteus peut survivre dans des environnements oligotrophiques durant de très longues périodes, M. luteus est résistant à un potentiel hydrique réduit et peut tolérer la déssication et de fortes concentrations salines selon la littérature scientifique (Wieser,2002).