Comment l’analyse de cas des zones humides Ramsar transforme notre compréhension écologique ?

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L’analyse des zones humides Ramsar révèle des insights cruciaux sur les aspects éco-bactériologiques et enzymatiques des sites d’Oran et de Bechar. Découvrez comment l’isolement de souches bactériennes peut transformer notre compréhension de la qualité de l’eau et de la biodiversité locale.

Paramètres d’analyse bactériologique :

Généralités :

Le degré de pollution des eaux douces ou salés est cependant évalué par le dénombrement de certains bactéries appelées indicateurs de contamination fécale en général les coliforme fécaux appelées thérmotolérants et les streptocoques fécaux group D sont abondant dans les eaux usées la raison de ce choix tient essentiellement au fait que la numération de ces bactéries est beaucoup plus simple et rapide presque de 24 à 48 heures.

Les indicateurs de contamination fécale ont servi de base à l’établissement de l’ensemble des normes de qualité microbiologique des eaux. Pour un niveau de contamination microbiologique donné, le risque sanitaire dépend de l’usage qui est fait de l’eau. L’eau qui est directement consommée, qui est utilisée comme ressource dans une usine de production d’eau potable, qui sert pour l’hygiène, la baignade ou pour d’autres activités récréatives nautiques, ou encore qui est utilisée pour l’irrigation des cultures n’expose évidemment pas aux mêmes risques sanitaires.

De ce fait, des normes différentes ont été établies pour chacun de ces usages (servais et al ,2007).

L’eau peut ainsi être un facteur de dissémination des microorganismes pathogènes les suivis et le contrôle de la qualité microbiologique de l’eau sont donc des éléments majeures dans la préservation de la santé publique à l’heure actuelle les contrôles sanitaires des eaux de surfaces sont généralisées pour les eaux de baignade et celles utilisées pour la production d’eau potable (Servais et al, 1999)

Nous fournissons ci-dessous deux exemple de ces normes le premier concerne la qualité des eaux de baignade pour lesquelles une norme toujours d’application a été édicté par l’UE en décembre 1975 le deuxième concerne la qualité pour les eaux superficielles destinées à la production d’eau de consommation selon (servais et al ,2007)

Tableau 05: Qualité bactériologique requise pour les eaux de baignade (Directive européenne de Décembre, 1975) (servais et al ,2007)

Tableau 06: Qualité bactériologique requise pour les eaux douces superficielles utilisés pour la production d’eau livrée à la consommation (Directive européenne du 16 Juin, 1975, n°75/440) (servais et al ,2007)

Les indicateurs microbiens :

On présente ci-dessous les germes indicateurs principaux, à savoir, les coliformes, les streptocoques fécaux :

Les coliformes totaux :

Les coliformes sont des bâtonnets, anaérobie facultatif, gram (-) non sporulant. Ils sont capables de croître en présence de sels biliaires et fermentent le lactose en produisant de l’acide et du gaz en 48 heures à des températures de 35 à 37° C ,ils regroupent les genres Escherichia, Citrobacter, Entérobacter, Klébsiella, Yersinia, Serratia, Rahnella, et Buttiauxella, la recherche et le dénombrement de l’ensemble des coliformes (coliformes totaux), sans préjuger de leur appartenance taxonomique et de leur origine, est capital pour la vérification de l’efficacité d’un traitement d’un désinfectant mais il est d’un intérêt nuancé pour déceler une contamination d’origine fécale (Rodier et al, 1996).

Les coliformes fécaux :

Ce sont des bâtonnets Gram (-), aérobies et facultativement anaérobies ; non sporulant, capables de fermenter le lactose avec production de l’acide et de gaz à 36 et 44°C en moins de 24 heures. Ceux qui produisent de l’indole dans l’eau peptonée contenant du tryptophane à 44°C, sont souvent désignés sous le nom d’Escherichia Coli bien que le groupe comporte plusieurs souches différentes (Citrobacter freundii, Entérobacter aerogenes, Klebsiella pneumoniae…etc.) (Rodier et al ,1996). Les coliformes fécaux thérmotolérants (44°C) sont considérés d’origine humaine (Gaujous, 1995).

Les streptocoques fécaux :

Ces bactéries appartiennent à la famille de Streptococcaceae, au genre Streptococcus et au groupe sérologique D de LanceField (Sharpe, 1979). Ils sont définis comme étant des cocci sphériques légèrement ovales, gram positifs. Ils se disposent le plus souvent en diplocoques ou en chaînettes, se développent le mieux à 37°C et ils possédent le caractère homoférmentaire avec production de l’acide lactique sans gaz (Manuel de Bergey, 1984).

Il y a 5 espèces reconnues parmi les SF : S. bovis, S. equinus, S. avium, S. faecalis et S. faecium. Ils sont des témoins de contamination fécale assez résistant y compris dans les milieux salés (Gaujous, 1995). Ils peuvent aussi se multiplier dans les milieux présentant des pH allant jusqu’à 9.6

La flore mésophile aérobie totale :

La flore mésophile aérobie totale (FMAT) est utilisée comme un indicateur de pollution global. Elle englobe l’ensemble de microorganismes capables de se multiplier à l’air aux températures moyennes, surtout à une température optimale de croissance située entre 25 et 40°C. La FMAT renseigne aussi bien sur la microflore autochtone que sur la microflore allochtone apportée par la pollution.

Les principales familles bactériennes aquatiques :

Selon (Lucas, 2011) Les familles bactériennes les plus répandue dans les habitats aquatiques se distinguent par leur caractère ubiquitaire qui leur permet de se croitre dans plusieurs milieux y compris le sol, les denrées agro-alimentaires mais l’eau reste un endroit privilégié par sa richesse en matière organique et éléments minéraux indispensable au métabolisme microbienne et ces facteurs abiotiques optimaux permettant la survie de toutes sortes de micro-organisme.

On trouve ceux appartenant aux groupes suivant :

Les bacilles gram(-) :

• Enterobactereaceae, Pseudomonaceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae, Flavobacteriaceae.

Les bacilles gram(+) :

• Clostridiaceae, Bacillaceae, Lactobacillaceae

Les coques gram(+) :

• Micrococaceae, Staphylococaceae, Streptococcaceae

La famille des Enterobactereaceae :

La famille des Enterobactériaceae regroupe des bacilles Gram négatifs, mobiles (ciliature péritriche) ou immobiles, asporulés, aéro-anaérobies facultatifs, oxydase négatif, catalase positif cultivant sur milieux ordinaires, fermentant le glucose avec ou sans production de gaz et possédant une nitrate réductase (exception pour certaines souches d’Erwinia) (Buchaman et Gibbons, 1974;Violet,2013).

Les principaux genres décrits dans cette famille sont : Escherichia, Citrobacter, Enterobacter, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus, Providencia, Salmonella, Shigella, et Yersinia.

Comme le nom l’indique, les bactéries de cette famille colonisent majoritairement le tube digestif de l’homme et des animaux, les membres appartenant à cette famille peuvent être saprophytes, pathogènes opportunistes ou pathogènes spécifiques responsables notamment d’infection à transmission hydrique. Il s’agit de : Escherichia coli, Salmonella typhi et paratyphi, Shigella dysentriae et de Yersinia enterolitica selon les meme auteurs.

Le genre Escherichia

Le genre Escherichia comprend cinq espèces : E.coli, E. fergusonii, E.hermannii, E.vulneris, et une espèce très rare isolée de blattes : E. blattae. Ces espèces sont différenciées sur la base de l’hybridation ADN/ADN et par leurs caractères biochimiques respectifs (Moustardier, 1972 ; Gastinel et al, 1957 et Violet,2013).

L’espèce E.coli appartient à la famille des Enterobacteriaceae qui se définit par les caractères suivants : bacilles à Gram négatif (2 à 4 μ de long sur 0,4 à 0,6 μ de large), mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles, poussant sur milieux de culture ordinaires, aéro-anaérobies facultatifs, fermentant le glucose avec ou sans production de gaz, réduisant les nitrates en nitrites, dépourvus d’oxydase (Anonyme, 2003 ; Violet,2013).

Le genre Shiguella

Les Shiguella sont des entérobactéries à faible pouvoir métabolique, toujours immobiles elles sont extrêmement proches des E.coli, mais ne fermentant pas le lactose. Elles ont les caractères suivants elles n’ont pas d’uréase, fermentent le glucose sans production de gaz (à l’exceptions avec certains biotypes de S.flexneri 6 et S.boidii 13 et 14 et S.dysenteriae 3), elles ne produisent jamais d’H₂S, et absence de LDC et de tryptophane-désaminase, ne donnent pas de culture sur milieu citrate de Simmons, sensible à l’ampicilline et fluoroquinolones la virulence est liée à la présence de grands plasmides (120-140 Md) (Anonyme, 2003 ; Violet, 2013).

Le genre Citrobacter

Les souches du genre Citrobacter sont constituées de bacilles droits, isolés ou groupés en paire, d’environ 1,0 µm de diamètre sur 2,0 à 6,0 µm de longueur et présentant les caractères généraux de la famille des Enterobacteriaceae, selon (Farmer, 1985 ;Violet,2013).

Classiquement, le genre Citrobacter rassemblait des entérobactéries mobiles, capables d’utiliser le citrate de sodium comme unique source de carbone, ONPG positive, LDC négative, phénylalanine désaminase négative et Voges-Proskauer négative. L’absence de production d’acétyl-méthyl-carbinol, l’absence de phénylalanine désaminase et l’absence de lysine décarboxylase sont observées pour toutes les souches mais, la mobilité, la croissance sur le milieu au citrate de Simmons et l’ONPG sont des caractères variables, la croissance des Citrobacter sp est facilement obtenue sur gélose nutritive et les colonies sont généralement lisses, légèrement convexes, translucides ou opaques, à contour régulier et leur diamètre est de 2 à 4 mm après 24 heures d’incubation à 35 °C ou à 37 °C.

Occasionnellement, les colonies peuvent avoir un aspect rugueux ou muqueux. De nombreuses souches de Citrobacter amalonaticus, de Citrobacter braakii, de Citrobacter farmeri, de Citrobacter freundii, de Citrobacter koseri, de Citrobacter sedlakii, de Citrobacter werkmaniiet de Citrobacter youngae sont aptes à cultiver dans des milieux d’enrichissement comme les bouillons au sélénite et au tétrathionate et sur des géloses sélectives comme la gélose Salmonella-Shigella, la gélose désoxycholate citrate ou la gélose au vert brillant.

Sur ces milieux sélectifs, les colonies n’acidifiant pas le lactose (ou acidifiant tardivement le lactose) ou produisant de l’hydrogène sulfuré peuvent être confondues avec des colonies de salmonelles, les souches de Citrobacter sp sont généralement sensibles à la gentamicine, à la tobramycine, à l’amikacine, au chloramphénicol, à la colistine, à la ciprofloxacine et à l’imipénème. Une résistance est observée pour l’ampicilline, la streptomycine, les sulfamides selon la litérature scientifique (Farmer, 1985).

Le genre Klebsiella

Les espèces du genre Klebsiella sont présentes dans le monde entier, en particulier dans les régions tropicales et subtropicales. Elles sont ubiquistes, c’est-à-dire qu’on les rencontre partout, notamment dans les milieux forestiers, la végétation, le sol, l’eau et les muqueuses des espèces hôtes ,les espèces du genre Klebsiella sont des bactéries Gram négatif en forme de bâtonnet, non mobiles et généralement encapsulées, qui appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae .Ces bactéries produisent de la lysine-décarboxylase, mais pas d’ornithine-décarboxylase, et donnent en général un résultat positif au test de Voges- Proskauer ,sont habituellement des anaérobies facultatifs, et leur taille varie de 0,3 à 1,0 µm de largeur et de 0,6 à 6,0 µm de longueur.

Les espèces du genre Klebsiella forment souvent des colonies mucoïdes parmi les espèces on trouve K. granulomatis, K.oxytoca, K.pneumoniae (espèce-type), K.singaporensis (Janda, 2006 ; Abbott, 2007).

Le genre Enterobacter

Enterobacter est un genre de bactérie appartenant à la famille des Enterobacteriaceae ; il s’agit d’un bacille à coloration de Gram négatif, mesurant 0,6 à 1 μm de diamètre et 1,2 à 3 μm de longueur; ils se déplacent grâce à un flagelle péritriche et sont dotés de pilus de classe chimio-hétérotrophe , l’habitat est l’intestin de l’Homme et des animaux, Enterobacter est aussi trouvé dans les selles, les eaux d’égouts, le sol, les produits laitiers certaines souches du genre Enterobacter peuvent être responsables d’infections nosocomiales parmi Les espèces on trouve E. cloacae, E. aerogenes.

Les espèces du genre Enterobacter sont résistantes à l’ampicilline, aux céphalosporines de première et de deuxième génération et à la céphalothine selon la litérature scientifique (Abbott, 2007).

Le genre Salmonella

Elles appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae et sont des bâtonnets mobiles , Gram (-), aérobies et facultativement anaérobies. Elles fermentent le glucose, le maltose et le mannitol, avec production de gaz, mais elles ne fermentent pas le saccharose. Elles réduisent le sulfite en sulfure et decarboxylent la lysine, rencontrée dans le milieu marin, les exutoires d’eaux usées constituent la principale source de pollution par les salmonelles, elles sont : lactose (-), uréase (-), H₂S (+), citrate (+). Certains sérovars ont des caractères particuliers selon la litérature scientifique (Leclerc et al, 1995).

Le genre Yersinia

Bactérie ubiquitaire, trouvée chez l’animal et dans l’environnement (sol, eaux), contaminant l’homme et les animaux par voie digestive, Les Yersinia présentent les caractères généraux des Enterobacteriaceae cités précédemment. Les éléments importants de l’identification sont : l’absence de mobilité à 37°C et la mobilité en dessous de 29°C. La réaction de l’uréase est toujours fortement et rapidement positive. Le test de l’ONPG est positif. L’absence de LDC et d’ADH est constante. La production de H₂S et la culture sur citrate de Simmons sont négatives sensible à la streptomycine, la tétracycline et le chloramphénicol selon la litérature scientifique (Anonyme, 2003 ;Violet,2013).

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